جایزه‌ی دکتر فتح‌الله مجتبایی هر ساله در دی ماه به بهترین پایان‌نامه‌ی دوره‌ی دکتری در زمینه‌های «ادیان و عرفان» و «زبان و ادبیات فارسی» با هدف ارتقاء علمی و تشویق دانشجویان دوره‌ی دکتری در رشته‌های مذکور اهدا می‌شود.

دانشجویان دوره‌ی دکتری در این دو رشته که در سال ۱۳۹۵ از پایان‌نامه‌ی خود دفاع کرده‌اند، می‌توانند یک نسخه از پایان‌نامه‌ی خود را همراه با ذکر نشانی و مشخصات تا پایان شهریور به دبیرخانه‌ی این جایزه واقع در خیابان شهید بهشتی، خیابان شهید احمد قصیر (بخارست)، نبش کوچه‌ی سوم، پلاک ۸، مرکز فرهنگی شهر کتاب ارسال کنند.

هیات داوران پس از داوری پایان‌نامه‌های رسیده، پایان‌نامه‌ی برگزیده را معرفی می‌کنند.

در شش دوره‌ی گذشته‌ی این جایزه، سمیرا بامشکی، علیرضا اسدی، محمدرضا عدلی، سلمان ساکت، ارسطو میرانی، سیده لیلا سیدقاسم، مجتبی مجرد، زهرا زارع، محمد ابراهیم‌پور نمین  و فرزین غفوری برگزیدگان این جایزه‌ بوده‌اند.

پایان‌نامه‌‌ی برگزیده به همت انتشارات هرمس به صورت کتاب منتشر می‌شود.

گفتنی است پایان‌نامه‌های ارسالی، برگشت داده نمی‌شوند. از ارسال پایان‌نامه‌هایی که پیش از سال ۹۵ یا پس از آن دفاع شده‌اند، خودداری شود.