هفت سال است که جایزه‌ی دکتر فتح‌الله مجتبایی هر ساله در دی ماه به بهترین پایان‌نامه‌ی دوره‌ی دکتری در رشته‌‌های «ادیان و عرفان» و «زبان و ادبیات فارسی» با هدف ارتقاء علمی و تشویق دانشجویان دوره‌ی دکتری رشته‌های مذکور اهدا می‌شود.

دانشجویان دوره‌ی دکتری در این دو رشته که در سال ۱۳۹۶ از پایان‌نامه‌ی خود دفاع کرده‌اند می‌توانند یک نسخه از پایان‌نامه‌ی خود را همراه با ذکر نشانی و مشخصات تا پایان شهریور ۱۳۹۷ به دبیرخانه‌ی این جایزه واقع در خیابان شهید بهشتی، خیابان شهید احمد قصیر (بخارست)، نبش کوچه‌ی سوم، پلاک ۸،  مرکز فرهنگی شهر کتاب ارسال کنند.

هیات داوران جایزه را دکتر فتح‌الله مجتبایی، دکتر ضیاء موحد، دکتر حسین معصومی‌همدانی، دکتر شهرام پازوکی، دکتر محمود فتوحی رودمعجنی، دکتر نسرین فقیه‌ملک‌مرزبان، دکتر محمدرضا عدلی با دبیری علی‌اصغر محمدخانی تشکیل می‌دهند.

پایان‌نامه‌های ارسالی به دبیرخانه‌ی این جایزه برگشت داده نمی‌شوند و شرکت‌کنندگان باید از ارسال پایان‌نامه‌هایی که پیش یا پس از سال ۱۳۹۶ دفاع‌ کرده‌اند، خودداری‌کنند.

گفتنی‌ است پایان‌نامه‌ی برگزیده به همت انتشارات هرمس به صورت کتاب منتشر می‌شود.