هشت سال است که جایزه‌ی دکتر فتح‌الله مجتبایی هر ساله در دی ماه به بهترین پایان‌نامه‌ی دوره‌ی دکتری در رشته‌‌های «ادیان و عرفان» و «زبان و ادبیات فارسی» با هدف ارتقاء علمی و تشویق دانشجویان دوره‌ی دکتری رشته‌های مذکور اهدا می‌شود.

دانشجویان دوره‌ی دکتری در این دو رشته که در سال ۱۳۹۷ از پایان‌نامه‌ی خود دفاع کرده‌اند می‌توانند یک نسخه از پایان‌نامه‌ی خود را همراه با ذکر نشانی و مشخصات تا پایان مهر ۱۳۹۸ به دبیرخانه‌ی این جایزه واقع در خیابان شهید بهشتی، خیابان شهید احمد قصیر (بخارست)، نبش کوچه‌ی سوم، پلاک ۸،  مرکز فرهنگی شهر کتاب ارسال کنند.

هیات داوران این جایزه متشکل از دکتر فتح‌الله مجتبایی، دکتر ضیا‌ موحد، دکتر حسین معصومی‌همدانی، دکتر شهرام پازوکی، دکتر محمود فتوحی‌رود‌معجنی، دکتر مسعود جعفری‌جزی، دکتر محمدرضا عدلی با دبیری علی‌اصغر محمدخانی هستند.

پایان‌نامه‌های ارسالی به دبیرخانه‌ی این جایزه برگشت داده نمی‌شوند و شرکت‌کنندگان باید از ارسال پایان‌نامه‌هایی که پیش یا پس از سال ۱۳۹۷ دفاع‌ کرده‌اند، خودداری‌کنند.

گفتنی‌ است پایان‌نامه‌ی برگزیده به همت انتشارات هرمس به صورت کتاب منتشر می‌شود.