جایزه‌ی دکتر فتح‌الله مجتبایی هرساله در دی‌ماه به بهترین پایان‌نامه‌ی دوره دکتری در رشته‌های ادیان و عرفان و زبان و ادبیات فارسی، با هدف ارتقای علمی و تشویق دانشجویان دوره‌ی دکتری رشته‌های مذکور، اهدا می‌شود.

دانشجویان دوره‌ی دکتری در این دو رشته که در سال ۱۳۹۸ از پایان‌نامه‌ی خود دفاع کرده‌اند می‌توانند یک نسخه از پایان‌نامه‌ی خود را، همراه با ذکر نشانی و مشخصات، تا پایان مهر۱۳۹۹ به دبیرخانه‌ی این جایزه، واقع در خیابان شهید بهشتی، خیابان شهید احمد قصیر (بخارست)، نبش کوچه‌ی سوم، شماره‌ی ۸، مرکز فرهنگی شهر کتاب ارسال کنند یا فایل پایان‌نامه‌های خود را حداکثر تا پایان مهرماه با ذکر مشخصات کامل به نشانی الکترونیکی bookcityaward@gmail.com  ارسال کنند و برای کسب اطلاعات بیشتر با شماره‌های ۸۸۷۲۳۳۱۶ و ۸۸۷۱۷۴۵۸ تماس بگیرند.

هیات داوران این جایزه متشکل از دکتر فتح‌الله مجتبایی، دکتر ضیاء موحد، دکتر حسین معصومی همدانی، دکتر شهرام پازوکی، دکتر مسعود جعفری‌جزی، دکتر محمدرضا عدلی با دبیری علی‌اصغر محمدخانی است.

پایان‌نامه‌های ارسالی به دبیرخانه‌ی این جایزه برگشت داده نمی‌شوند و شرکت‌کنندگان باید از ارسال پایان‌نامه‌هایی که پیش یا پس از سال ۱۳۹۸  دفاع کرده‌اند، خودداری‌کنند. پایان‌نامه‌ی برگزیده به همّت انتشارات هرمس به صورت کتاب منتشر می‌شود.