هر ساله به بهترین پایان‌نامه‌ی دوره‌ی دکتری در زمینه‌ی ادیان و عرفان و ادبیات کلاسیک فارسی و با هدف ارتقاء علمی و تشویق دانشجویان دوره‌ی دکتری در رشته‌های مذکور، جایزه‌ی دکتر فتح‌الله مجتبایی اهدا می‌شود.
دانشجویان دوره‌ی دکتری که در سال ۱۳۹۱ از پایان‌نامه‌ی خود دفاع کرده‌اند می‌توانند یک نسخه از پایان‌نامه‌ی خود را تا پایان مرداد به دبیرخانه‌ی این جایزه واقع در خیابان شهید بهشتی، خیابان شهید احمد قصیر(بخارست)، نبش کوچه‌ی سوم، مرکز فرهنگی شهرکتاب ارسال کنند. پس از بررسی هیات داوران که از برجسته‌ترین صاحب‌نظران و استادان رشته‌های ادیان و عرفان و ادبیات فارسی هستند، در دی ماه  ۱۳۹۲ پایان‌نامه‌ی برگزیده معرفی، و جوایز مادی و معنوی به برگزیده اهدا می‌شود.
لازم به ذکر است پایان‌نامه‌های ارسالی مسترد نخواهند شد.
دکتر مجتبایی که از اعضای پیوسته‌ی فرهنگستان زبان و ادب فارسی و دایره‌المعارف بزرگ اسلامی است،  دی ماه ۱۳۸۹ در مراسم بزرگداشت خود در شهرکتاب، پیشنهاد برگزاری جایزه‌ای را  در حوزه‌ی فرهنگ و ادب ایران داد. تاکنون سمیرا بامشکی، علی‌رضا اسدی و محمدرضا عدلی این جایزه را از آن خود کرده‌اند.