جایزه‌ی دکتر فتح‌الله مجتبایی هر ساله در دی ماه به بهترین پایان‌نامه‌ی دوره‌ی دکتری در زمینه‌های «ادیان و عرفان» و «زبان و ادبیات فارسی» با هدف ارتقاء علمی و تشویق دانشجویان دوره‌ی دکتری در رشته‌های مذکور اهدا می‌شود.

دانشجویان دوره‌ی دکتری در این دو رشته که در سال ۱۳۹۳ از پایان‌نامه‌ی خود دفاع کرده‌اند، می‌توانند یک نسخه از پایان‌نامه‌ی خود را تا پایان مرداد ماه به دبیرخانه‌ی این جایزه واقع در خیابان شهید بهشتی، خیابان شهید احمد قصیر (بخارست)، نبش کوچه‌ی سوم، پلاک ۸، مرکز فرهنگی شهر کتاب ارسال کنند.

هیات داوران این جایزه متشکل از فتح‌الله مجتبایی، ضیاء موحد، حسین معصومی‌همدانی، شهرام پازوکی، محمد دهقانی و علی‌اصغر محمدخانی، پس از داوری پایان‌نامه‌های رسیده، پایان‌نامه‌ی برگزیده را معرفی می‌کنند.

در چهار دوره‌ی گذشته‌ی این جایزه، سمیرا بامشکی، علیرضا اسدی، محمدرضا عدلی، سلمان ساکت، ارسطو میرانی، سیده لیلا سیدقاسم برگزیدگان این جایزه‌ بوده‌اند.

پایان‌نامه‌‌ی برگزیده به همت انتشارات هرمس به صورت کتاب منتشر می‌شود.

گفتنی است پایان‌نامه‌های ارسالی، پس داده نمی‌شود. از ارسال پایان‌نامه‌هایی که پیش از سال ۹۳ و یا پس از آن دفاع شده‌اند، خودداری کنید. پایان‌نامه‌ی مذکور حتما باید در مقطع دکتری دفاع شده‌ باشند و در دو رشته‌ی مذکور.