دانشجویان دوره‌ی دکتری «ادیان و عرفان» و «زبان و ادبیات فارسی» که در سال ۱۳۹۳ از پایان‌نامه‌ی خود دفاع کرده‌اند، فقط تا پایان مرداد ۱۳۹۴ فرصت دارند یک نسخه از پایان‌نامه‌ی خود را به دبیرخانه‌ی این جایزه واقع در خیابان شهید بهشتی، خیابان شهید احمد قصیر (بخارست)، نبش کوچه‌ی سوم، پلاک ۸، مرکز فرهنگی شهر کتاب ارسال کنند. گفتنی است که پس از پایان مهلت اعلام شده، پایان‌نامه‌ای پذیرفته نخواهد شد.

هیات داوران این جایزه متشکل از فتح‌الله مجتبایی، ضیاء موحد، حسین معصومی‌همدانی، شهرام پازوکی، محمد دهقانی و علی‌اصغر محمدخانی، پس از داوری پایان‌نامه‌های رسیده، پایان‌نامه‌ی برگزیده را معرفی می‌کنند.

جایزه‌ی دکتر فتح‌الله مجتبایی هر ساله در دی ماه به بهترین پایان‌نامه‌ی دوره‌ی دکتری در زمینه‌های «ادیان و عرفان» و «زبان و ادبیات فارسی» با هدف ارتقاء علمی و تشویق دانشجویان دوره‌ی دکتری در رشته‌های مذکور اهدا می‌شود.